為減少營業人開立電子發票異常情形，避免影響發票上傳資訊的正確性及消費者兌獎的權益，財政部電子發票整合服務平台每單月7日會針對發生漏上傳電子發票、空白字軌號碼及總分支機構配號檔等異常情形，寄送電子郵件通知營業人，另針對已開立誤用非當期字軌或非主管機關配給之字軌號碼，也會即時寄送電子郵件通知，營業人如有接獲異常改善通知，請儘速檢視並建置檢核機制。
該所進一步列出開立電子發票常見的異常類型，並提供預防作為與檢核機制如下：
| 異常類型 | 預防作為與檢核機制 |
| 漏上傳發票、空白字軌號碼及總分支機構配號檔 |
漏上傳發票、空白字軌號碼及總分支機構配號檔
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| 誤用非當期字軌或非主管機關配給之字軌號碼 |
誤用非當期字軌或非主管機關配給之字軌號碼
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電子發票上傳時限為B2C發票應於開立後48小時內上傳，B2B發票應於開立後7日內上傳。
資料來源：財政部
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