教育、文化、公益、慈善機關團體，承辦政府委辦業務，屬銷售貨物或提供勞務予他人以取得代價之銷售貨物或勞務行為，於辦理年度所得稅結算申報時，應填寫申報書第4頁「專供有銷售貨物或勞務者使用」之餘絀及稅額計算表，以正確計算該年度之課稅所得額及稅額。有銷售貨物或勞務之所得，如符合所得稅法第39條但書規定者，其前10年盈虧可互抵。依「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項及第3條第1項規定，機關團體如有銷售貨物或勞務之所得應依法課徵所得稅，但如銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，可將此不足支應的部分自銷售貨物或勞務之所得中扣除。
另依財政部85年3月27日台財稅第851900292號函規定，機關團體承辦政府委辦業務，係屬銷售貨物或提供勞務予他人以取得代價之銷售貨物或勞務行為，其所取得之收入應計入當年度收入總額，依免稅標準第2條及第2條之1（現行第3條）規定徵免所得稅。常見機關團體誤將承辦政府委辦業務所得列為銷售貨物或勞務以外之所得，以致該筆所得漏未計算所得稅額。
醫療財團法人係屬教育、文化、公益慈善機關或團體
醫療財團法人係屬所得稅法第11條第4項規定之教育、文化、公益慈善機關或團體（以下稱機關團體），若符合行政院發布之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」(下稱免稅標準)者，除銷售貨物或勞務之所得，應依上開免稅標準第3條第1項規定課徵所得稅外，免納所得稅；其銷售貨物或勞務之虧損，可比照公司組織之營利事業，如符合所得稅法第39條但書規定，得自以後10年度銷售貨物或勞務之所得中扣除。
機關團體銷售貨物或勞務之所得-所得稅法39條規定三個條件
機關團體銷售貨物或勞務之所得，應依「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（以下稱免稅適用標準）之規定課徵所得稅；其銷售貨物或勞務之虧損，比照公司組織之營利事業，如符合所得稅法第39條但書規定的三個條件：
- 會計帳冊簿據完備；
- 虧損及申報扣除年度均經會計師查核簽證；
- 如期申報，即得自以後10年度銷售貨物或勞務之所得中扣除。
依免稅適用標準第3條第1項規定，機關團體銷售貨物或勞務之所得，得先扣除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動支出之不足數後，再依法課徵所得稅。如符合所得稅法第39條但書規定，再適用前10年銷售貨物或勞務虧損扣除之規定，亦即先扣除同年度銷售貨物或勞務以外之不足支應數後，再扣除以前年度銷售貨物或勞務之虧損。
該局舉例說明，甲醫療財團法人109年度教育文化公益慈善機關或團體及其作業組織所得稅結算申報時，係屬如期申報並經會計師簽證查核案件，其列報銷售貨物或勞務收入8,800萬元、銷售貨物或勞務之支出9,200萬元 銷售貨物或勞務以外之收入2,800萬元、與創設目的有關活動支出2,900萬元，甲醫療財團法人本期餘絀數為虧損500萬元，惟銷售貨物或勞務虧損400萬元，甲醫療財團法人以後年度虧損扣除之金額為400萬，而非500萬元(詳如下表)。
呼籲機關團體銷售貨物或勞務之所得如欲適用盈虧互抵，應符合所得稅法第39條但書之規定，以維自身權益。
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